A. 有没有可以比对两个数据库中数据表结构异同的工具

rails 有 migrate 工具，所有数据库更改都会记录在 migration中， 可以很方便的进行数据库结构的改变。
不知道你是做什么开发的。但应该也有相类似的工具。当然，你可以用rails的migrate工具进行数据库的更改。

B. 如何比较mysql数据库的表结构和表内容的差异

先把每个库的表结构导出到文件，然后比较这两个文件。
mysqlmp --skip-comments --skip-extended-insert -u root -p database1>file1.sql
mysqlmp --skip-comments --skip-extended-insert -u root -p database2>file2.sql
diff file1.sql file2.sql
其实还有一些比较工具，推荐一个
mysql-comparison-tools