⑴ 我在职硕士论文被知网收录，此前没被发表过，是知网从我硕士学校取得

这种情况评职称是没有用的，首先评职称要求的论文必须是你从事本职工作后写作、发表的。其次，这个属于论文不属于著作，知网收录的硕士论文仅仅是在知网的收据库中，所以并不是发表在某个杂志上的，这样就谈不上cn刊号了。
对于评职称来说，首先论文的内容和发表的时间，必须是你从事本职工作之后的。其次，论文必须发表在具有正规刊号的杂志上，也就是你提问中所提到的CN刊号和ISSN刊号，不仅是CN，两者必须都有才可以。

⑵ 关于已录用尚未发表的会议论文增加新内容后改投其它期刊的问题。

应该可以，尽可能在新文章突出和上一篇的不同，或者可以从不同的角度写，也可以是上一篇的补充发展，都是可以的。
对于还未刊出的论文后加括号注明（已录用，将于20**年，**期出版）

⑶ 论文以被收录，交过版面费了，但未正式定稿，暂时没发表，可以算已发表论文么

没发出来就不算已发表论文。但是这种情况只要拿收录通知学校一般都会承认。