㈠ 百度是否会自动收录网站子目录子目录中无本站链接

不会自动收录。
我的主站是博客程序，用子目录做了个商城，内容上是完全独立的，只要你断开主站和子站的链接，蜘蛛是爬行不到的，蜘蛛是靠着页面上的链接来工作的。

㈡ 百度如何收录子目录

子目录收录非常慢的。这个和你一级域名的权重有关。你可以去查看下自己的回主域名的权重，我所在公答司的网站，一级域名权重4，但是还是非常多子目录的内容无法收录的。只能建议你去做二级域名的网站，虽然会分散主站权重，但是收录效果会好很多。