1. 如何构建系统发育树

无论是基于距离的系统发生树重建方法，还是基于特征的系统发生树重建方法内，都不能容保证一定能够得到一棵描述比对序列进化历史的真实的树。

一般地，对于某个数据集，如果用一种方法能推断出正确的系统发生关系，则用其它流行的方法也能得到较好的结果。但是，如果模拟数据集中序列的变化很大，或不同的分支变化速率不同，则没有一种方法是十分可靠的。

(1)构建系统发育树扩展阅读：

系统树是一种分支图（英文cladogram）。在树中，每个节点代表其各分支的近共同祖先，而节点间的线段长度对应演化距离（如估计的演化时间）。

系统发生树有时也称系统树图，它是由一系列节点和分支组成的。其中每一个节点代表一个分类单元，分支末端的节点对应 一个基因或者生物体。与外部节点对应，内部节点代表一个推断出的共同祖先。系统发生树结构的基本信息在计算机程序中常常用一组嵌套的圆括号表示，成为newick格式。